Ｅ３系は、秋田新幹線用として開発され、１９９７年にデビューした車両です。３回に渡って投入され、それぞれ若干仕様が変わっています。車両はすべて第三セクターが所有し、ＪＲに貸しているということになります。
　当初は５両編成でしたが、付随車が各編成に１両ずつ増備されて、現在は６両編成になっています。車内は、グリーン車・普通車ともに２+２列シートで、旧指定席車（１２〜１４号車）のシートピッチが９８０ｍｍ、旧自由席車（１５〜１６号車）が９１０ｍｍとなっているので、指定を取るなら１２〜１４号車を取ったほうがおトクですね。
　１１号車側には、「はやて」との併結用に連結器があり、自動で解結ができるようになっています。
　Ｅ３系には２編成だけ、山形新幹線用の編成（Ｌ編成）があります。カラーリングは４００系とあわせ、共通で運用されているので運が良ければ見つけられるでしょう。

「こまち」用の車両ですが、２００系Ｈ編成亡き今は１６両編成の「やまびこ」や「なすの」にも使われています。